微生物實(shí)驗(yàn)室其良好的自然通風(fēng)是關(guān)鍵，必要時(shí)更應(yīng)配備抽風(fēng)機(jī)。接種、分離及鑒定細(xì)菌等操作應(yīng)在生物安全柜中進(jìn)行。為了防止交叉污染，保護(hù)工作人員健康，實(shí)驗(yàn)室應(yīng)至少劃分成3個(gè)區(qū)。
一、清潔區(qū)
包括辦公室、休息室、培養(yǎng)基配制室與試劑儲(chǔ)藏室。此區(qū)域禁止帶人細(xì)菌檢驗(yàn)標(biāo)本。
二、操作區(qū)
（1）整潔：微生物操作區(qū)是各種病原菌相對(duì)集中的地方，為了減少粉塵流動(dòng)，防止交叉污染，操作區(qū)應(yīng)與外界分開(kāi)。實(shí)驗(yàn)室工作人員進(jìn)入操作區(qū)應(yīng)換鞋，送標(biāo)本人員不進(jìn)入操作區(qū)，操作區(qū)地面用拖把每天拖1 次，每周用消毒劑擦洗1 次。每天早上工作前，用紫外線(xiàn)照射30 min ，或每天工作后，用紫外線(xiàn)照射60 min ，對(duì)整個(gè)操作區(qū)進(jìn)行消毒；下午工作結(jié)束后用消毒液消毒工作臺(tái)面，以保證工作環(huán)境的安全清潔。
（2）光線(xiàn)：細(xì)菌培養(yǎng)的細(xì)小菌落及血清試驗(yàn)?zāi)w粒的觀察，都需要有充足的光線(xiàn)。操作區(qū)除設(shè)置常規(guī)照明燈外，還必須安裝操作臺(tái)燈，以保證實(shí)驗(yàn)結(jié)果的正確判斷。
（3）通風(fēng)：由于各種病原菌集中，空氣污濁，實(shí)驗(yàn)室要求保持排的生物安全柜中進(jìn)行。
（4）溫度和濕度：由于無(wú)菌操作的要求，實(shí)驗(yàn)過(guò)程中經(jīng)常使用酒精燈，因此，微生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室不能安裝吊扇。為了達(dá)到實(shí)驗(yàn)所需的適宜溫度，尤其是滿(mǎn)足某些儀器對(duì)溫度濕度的要求，實(shí)驗(yàn)室應(yīng)安裝空調(diào)。
（5）電源：要求提供穩(wěn)壓、恒頻的電源；根據(jù)儀器設(shè)備要求，必要時(shí)配備不間斷電源。
（6）水源：操作區(qū)內(nèi)須設(shè)置水源。用于標(biāo)本處理（如細(xì)菌染色）的水槽與工作人員洗手用的水槽不能混用。
（7）污染物處理：操作區(qū)須備有消毒缸，以處理沾有活菌的玻片等污染物品。檢驗(yàn)剩余的標(biāo)本及使用過(guò)的帶菌平板、試管均須集中地點(diǎn)安全放置，經(jīng)消毒滅菌處理后再洗滌或丟棄。
三、無(wú)菌區(qū)
（1）無(wú)菌室應(yīng)*封閉，進(jìn)出無(wú)菌室至少要經(jīng)兩道門(mén)，中間隔有緩沖間，無(wú)菌室與外間設(shè)置一個(gè)可開(kāi)閉的窗口，用于傳遞器具。
（2）無(wú)菌室必須保持整潔。工作人員進(jìn)入無(wú)菌室應(yīng)換鞋、衣。無(wú)菌室使用前須用紫外線(xiàn)消毒30 min ，操作結(jié)束后清潔臺(tái)面，再用紫外線(xiàn)消毒30 min 。定期用乳酸或甲醛熏蒸，*消毒。
（3）無(wú)菌室僅用于培養(yǎng)基分裝等無(wú)菌操作，不能進(jìn)行有菌標(biāo)本的操作。操作人員操作時(shí)應(yīng)嚴(yán)格關(guān)門(mén)，并戴好的口罩、帽子。
（4）無(wú)菌室內(nèi)應(yīng)有空氣過(guò)濾裝置，并安裝空調(diào)。