1、普通潔凈室常用的滅菌方法
（1）紫外線照射 
紫外線照射屬于電磁輻射消毒法，其機(jī)理是使細(xì)菌吸收輻射吸熱而產(chǎn)生熱效能，破壞其蛋白質(zhì)和核酸從而達(dá)到滅菌的目的。紫外線照射的殺菌效果明顯，廣泛應(yīng)用于醫(yī)院需要消毒的場(chǎng)合，如室內(nèi)空氣、物體表面、水及其他液體等。但是，紫外線殺菌也有相當(dāng)?shù)木窒扌?。由于紫外線輻射能產(chǎn)生對(duì)人體有傷害的臭氧，所以紫外線殺菌只能在無(wú)人的狀態(tài)下進(jìn)行消毒。紫外線只能對(duì)靜止的物體有滅菌作用，對(duì)流動(dòng)的空氣毫無(wú)意義。在組合式空調(diào)機(jī)組停用時(shí)，紫外線照射也可作為機(jī)組消毒的一種手段。紫外線照射滅菌的效果與菌種、遮擋等都有關(guān)系，由于這些因素的影響，使用紫外線燈管照射時(shí)應(yīng)當(dāng)注意對(duì)需要消毒的暴露對(duì)象長(zhǎng)時(shí)間照射，應(yīng)盡量的近距離照射。
（2）臭氧
臭氧在常溫下是強(qiáng)氧化性氣體，也是一種廣譜殺菌劑。可用來(lái)殺滅細(xì)菌及其芽孢、病毒及真菌，也被廣泛用于醫(yī)院消毒。由于臭氧是極不穩(wěn)定氣體，在常溫下會(huì)自行分解為氧氣，所以不能貯存，一般都是通過(guò)臭氧發(fā)生器現(xiàn)場(chǎng)制備并立即消毒滅菌。
由于臭氧為強(qiáng)氧化劑，對(duì)人體及室內(nèi)物體有損害，所以高濃度臭氧只能在密閉房間無(wú)人狀態(tài)下使用，消毒后30min人員方可入內(nèi)，這也說(shuō)明了臭氧消毒的局限性。低濃度臭氧發(fā)生器可以使用在有人員活動(dòng)的房間，其滅菌效率比高濃度略差，但也是有效的，當(dāng)臭氧濃度為0.2mg/m³時(shí)，15min細(xì)菌殺滅率為98.05%～99.99%。
（3）化學(xué)消毒劑
利用噴霧機(jī)熏蒸化學(xué)消毒劑的方法殺滅空氣中的微生物也是生物潔凈室常用的消毒方法。常用的化學(xué)消毒劑有甲醛、過(guò)氧乙酸、過(guò)氧化氫、含氯消毒劑和季銨鹽類(lèi)消毒劑等。使用化學(xué)消毒劑進(jìn)行消毒，一般都須關(guān)閉門(mén)窗1～2h噴霧或熏蒸。還有一些化學(xué)消毒劑是可以用來(lái)浸泡或擦拭的。如二溴海因、過(guò)氧化復(fù)、過(guò)氧乙酸等。
無(wú)論是噴霧、熏蒸，還是擦拭，化學(xué)消毒劑對(duì)人體及物體都有不同程度的危害，在使用時(shí)應(yīng)當(dāng)經(jīng)專(zhuān)業(yè)人員培訓(xùn)，操作時(shí)應(yīng)謹(jǐn)慎小心，以免造成人身傷害。每個(gè)潔凈室使用的化學(xué)消毒劑應(yīng)當(dāng)定期更換，防止室內(nèi)的微生物產(chǎn)生抗藥性。
2、藥廠潔凈室的消毒
對(duì)于藥廠潔凈室，不僅需要對(duì)空氣進(jìn)行過(guò)濾，還需要對(duì)室內(nèi)器具、地面、壁板等表面進(jìn)行消毒滅菌處理，嚴(yán)格控制室內(nèi)空氣中的生物或非生物的微粒數(shù)量。
進(jìn)入潔凈室的空氣是通過(guò)亞或空氣過(guò)濾器達(dá)到除菌目的的，可以視為無(wú)菌空氣，但是這個(gè)過(guò)程并無(wú)殺菌作用。只要室內(nèi)有人員的活動(dòng)，就有可能產(chǎn)塵或產(chǎn)菌；只要室內(nèi)有微生物生存的營(yíng)養(yǎng)源，就有可能使微生物生存及繁殖。因此，藥廠潔凈室應(yīng)有完善的消毒制度。
無(wú)菌室、室內(nèi)設(shè)備、器具和雜物、傳遞室或傳遞窗及更衣室的清洗盡量采用水洗。非無(wú)菌制劑潔凈室的清掃消毒，一般采用普通的清掃消毒方法。